Futsal clube "Dynamo" foi fundado em 2002. O fundador e primeiro presidente do clube foi Konstantin Eremenko, o melhor jogador de futsal do século XX. "Dynamo" ganhou seu primeiro campeonato na temporada de estréia e manteve o título de Campeão da Rússia até 2009. O sucesso foi seguido por uma descida curta quando o "Dynamo" conseguiu apenas prata e bronze no Campeonato Russo. Em 2011, o clube recuperou o título da equipe mais forte da Rússia. Em 2012 e 2013 o título foi confirmado.
Totalmente "Dynamo" ganhou nove títulos da liga no momento.
O mesmo sucesso alcançado no segundo maior torneio nacional - a Copa da Rússia. Dos dez finais "Dynamo" ganhou sete.
No entanto, o troféu mais importante para o "Dynamo" tornou-se a Copa UEFA vencido em 2007. Mais três vezes "Dynamo" jogou na final deste torneio.
No momento "Dynamo" é o clube com mais títulos da Rússia no século XXI.